امّا بىترديد معروف‌ترين اثر او منتخب التواريخ است . عبد القادر تمام دورهء حيات 57 سالهء خود را در دوران سلطنت اكبر به پايان رسانده است . چون مردى متديّن و متعصّب و صريح اللّهجه و شجاع بوده ، آنچه را كه مغاير با چارچوب معتقدات خود يافته با قلمى شيوا به باد حمله و انتقاد گرفته است . منتخب التواريخ با حمد خدا ، نعت رسول ( ص ) و منقبت خلفاى راشدين آغاز شده ، مطالبى در فوايد علم تاريخ و انگيزه و روش كار خود آورده است . تاريخ را از دورهء غزنويان آغاز كرده است و پادشاهان هند را در نه طبقهء تاريخى مورد بررسى قرار داده است . قسمت اعظم كتاب وى از طبقات اكبرى ، تاريخ مباركشاهى ، نظام التواريخ و لبّ التواريخ است كه ملا عبد القادر در لابه‌لاى مطالب نكته‌هايى هم از خود بر آن افزوده است . البتّه در دورهء تيموريان و اكبر به اطلاعات و مشاهدات خود متّكى بوده است و اين بخش كتاب ارزشمندترين بخش منتخب التواريخ است و چون مؤلّف آن يكى از نديمان و نزديكان جلال الدّين اكبر بوده و از اخبار و اسرار درونى دربار آگاهى داشته است ، محتواى كتاب او ارج ديگرى يافته است . عبد القادر نثرى ساده و روشن دارد و اگرچه در تأليف كتاب به آرايه‌هاى لفظى و معنوى هم نظر دارد ، گرفتار تعقيد و مغلق‌نويسى نشده است . عبد القادر مردى كنجكاو و مورّخى باانصاف است و بر خلاف ديگر مورّخان دربارى لحن متملّقانه ندارد و نان قرض نداده است و حق را ولو عليه خودش هم كه باشد گفته است . از منتخب التواريخ هم گزيده‌اى استخراج كرده‌اند و هم به زبانهاى ديگر مخصوصا به انگليسى و اردو برگردانده‌اند . اصل كتاب به زبان فارسى است . متن آن در سه جلد ميان سالهاى 1864 - 1869 م . به تصحيح مولوى احمد على صاحب و اهتمام كبير الدين احمد در كلكته به چاپ رسيده است . جلد سوم كتاب از نظر تذكرهء علما و شاعران در تاريخ زبان فارسى در هند كتابى مغتنم است . عبد القادر بداؤنى در اين كار به شيوهء مورّخان پيش از خود عمل كرده است ، با اين فرق كه او به گفتهء خودش « به هرحال به ذكر كرام برره » پرداخته است نه « فسقهء فجره » . زبان طنز عبد القادر واقعا بديع است . در ديباچهء كوتاهى كه بر مجلّد سوم نوشته